この質問は台風12号は何故JTWCでプロットされていないのかに関連する質問です。気象庁がなぜ認めなかったのかという点については、気象庁の担当者の方に聞いてみないとわからないというのが正直なところです。ただ、亜熱帯低気圧についてはそれほど厳密に区別はしていないような気がしますので、おそらく風速が34ノット以上という基準に達していないと判断したのではないかなと思います。

どちらかだけが台風を認定したケースを網羅的に調べた結果はないのですが、感覚的に言えば、米軍だけが台風を認定するケースの方が、気象庁だけが台風を認定するケースよりもずっと多いと思います。また両者の解釈が異なる理由も本当のところはわかりませんが、これも感覚的に言えば、ほとんどの場合は風速の推定値の違いが理由ではないでしょうか。その意味で、1) 気象庁だけが認定し、2) その理由が構造の解釈の違いにあるらしいという、通常とは異なる2つの理由が揃った台風12号の事例は、珍しい事例ではないかと考えたわけです。